Istnieje coraz więcej dowodów potwierdzających wzajemne oddziaływanie między mikrobiomem jelitowym, a stanem zdrowia i rozwijającymi się chorobami. Symbiotyczny związek między mikrobiomem jelitowym, a gospodarzem jest kluczowy dla zachowania zdrowia i dobrego samopoczucia. Zaburzenie równowagi symbiotycznej, nazywane również dysbiozą, może prowadzić do rozwinięcia się chorób o podłożu zapalnym. Choroby te mogą być związane bezpośrednio z jelitami – zapalne choroby jelit, choroba Crohn’a, wrzodziejące zapalenie jelita grubego, czy zespół nieszczelnego jelita. Zakłócenie równowagi mikrobioty jelitowej powoduje m.in. rozprzestrzenianie się bakterii patogennych zasiedlających jelita, rozregulowuje działanie układu immunologicznego, co prowadzi do silnej odpowiedzi zapalnej, a także zmniejszenie ilości korzystnych dla zdrowia metabolitów, m.in krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych wytwarzanych z udziałem bakterii jelitowych. Wynikiem przewlekłej odpowiedzi zapalnej w jelitach jest rozwój chorób zapalnych nie tylko w miejscu występowania stanu zapalnego. Ostatnie badania wskazują na udział mikrobioty jelitowej w patogenezie chorób neurodegeneracyjnych, metabolicznych, chorób układu krążenia, czy procesów nowotworowych. Istnieją również badania wskazują na to, że status mikrobioty jelitowej, poszczególne gatunki bakterii oraz ich metabolity mają również udział w rozwoju chorób prostaty. Chociaż mechanizm ten nie został w pełni poznany, wydaje się, że jednym z czynników jest inicjacja stanu zapalnego w gruczole krokowym